Vanaf het begin van de jaren negentig is gewerkt aan de realisering van de Ecologische Hoofd Structuur.
Het traditionele ruimtelijke beleid was gericht op bescherming van natuurgebieden. In de jaren zestig en zeventig ontstond steeds meer het besef dat de toenemende verkleining en versnippering van natuurgebieden, ondermeer door verstedelijking, wegenaanleg en moderne landbouw, de kwaliteit van de natuur sterk achteruit ging.
Veel bedreigde soorten planten en dieren zouden alleen kunnen voortbestaan door grotere leefgebieden te creëren. Er zou dus naast bescherming ook aan natuurbouw of natuurontwikkeling moeten worden gedaan. Er zouden ecologische verbindingen in stand moeten worden gehouden en zo nodig moeten worden aangelegd.
Op nationaal niveau werd in 1990 een 'Ecologische Hoofdstructuur' (EHS) ontworpen. Later zijn hieraan de robuuste verbindingen toegevoegd, brede verbindingszones tussen natuurgebieden. Onlangs is besloten deze verbindingen te schrappen, en in plaats daarvan in te zetten op het beter verbinden van natuurgebieden met het omringende agrarisch gebied.
De gedachte van netwerk van natuurgebieden vond aanvankelijk ook in Europees verband navolging. Uiteindelijk wordt het accent op ontwikkeling en op (nieuwe) verbindingen van de EHS niet overgenomen. De nadruk komt te liggen op bescherming van soorten en leefgebieden. Deze 'Natura 2000-gebieden' liggen in Nederland wel vrijwel allemaal binnen de EHS.
EHS in het Beleidsvoornemen Natuurbeleidsplan (1989)